日本寺は今から約1300年前、聖武天皇の勅詔と、光明皇后のお言葉を受けた行基菩薩によって神亀2年（725年）6月8日に開山されました。
開山当初法相宗に属し、天台宗、真言宗を経て徳川三代将軍家光公の治世の時に曹洞禅宗となり、今日に至っております。
日本寺は開山当時、七堂十二院百坊を完備する国内有数の規模を誇り、良弁、空海、慈覚といった名僧が留錫（りゅうしゃく）したと記録されています。良弁僧正は木彫りの大黒尊天を彫られ、弘法大師（空海）は100日間護摩を焚かれ石像の大黒尊天を彫られました。仁王門の金剛力士像は慈覚大師の作と伝えられています。
日本寺の御本尊は薬師瑠璃光如来です。東方浄瑠璃世界の教主で、瑠璃光を以て衆生の病苦を救い、病苦を救う医薬の仏様です。左手に薬壺を持っているのが特徴です。
薬師瑠璃光如来は戦傷を癒すと言われており、日本寺を訪れた武将の記録も残されております。
源頼朝は石橋山の戦いに敗れた後、房州に逃れ再起を図った折に日本寺で武運を祈願し、自ら蘇鉄を手植えし、現在も大蘇鉄として境内に残っております。頼朝は鎌倉幕府を開くとすぐに荒廃していた日本寺の全山修工に力を尽くし、養和元年（1181年） 薬師本殿を再建しました。
頼朝により全山修工された日本寺は、その後、鎌倉幕府後期から南北朝時代にかけての続く戦火により再び荒廃しますが、足利尊氏により再び復興されます。尊氏は国家泰平と万民安寧を祈願し、奥の院無漏窟に参籠した事が通天窟前の石碑「房州鋸山日本寺碑」に記録されています。
千葉県安房郡鋸南町鋸山
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