ノロドム・シハヌーク国王の下で1949年にフランスから独立後、ベトナム戦争が始まると国内は不安定化し、アメリカと南北ベトナムが介入し内戦状態となった。1968年には米軍の空爆が始まり、1970年には親米派のロン・ノル将軍のクーデターによりシハヌーク国王が追放され、クメール共和国が樹立された。内戦は一層激化し、空爆がカンボジア全域に拡大され数十万人が犠牲となると、クメール・ルージュ勢力の伸張をまねいた。1975年、極端な共産主義を掲げるクメール・ルージュの独裁者ポル・ポト政権が成立。1979年までに、旱魃、飢餓、虐殺などで100万人以上とも言われる死者が出た（虐殺の数については5万～330万と諸説あり）。
1979年にベトナム軍が侵攻しポル・ポト政権を打倒。その後ポル・ポト派含む三派とベトナム、ヘン・サムリン派との間で内戦が続いた。1989年にベトナム軍が撤退、1991年10月にパリ和平協定が結ばれた。1992年3月から国際連合カンボジア暫定統治機構による統治が開始され、1993年には国連監視の下で民主選挙が実施された。この時の国連の代表が日本国籍の明石康である。9月に制憲議会が新憲法を発布し立憲君主制を採択、ノロドム・シハヌークが国王に再即位した。
2009年12月18日、カンボジア特別法廷は、キュー・サムファン元国家幹部会議長を大虐殺（ジェノサイド）罪でも訴追することを通知した。法廷は、16日までにヌオン・チア元人民代表議会議長、イエン・サリ元副首相の二人にも大虐殺罪適用を決定している。
ジャワ王国からの独立は、ジャヤーヴァルマン2世(802年 – 854年)により行われた。ジャヤーヴァルマン2世はプノン・クレン丘陵の頂上で即位[1]を行い、ジャワからの解放を宣言した。これがアンコール王朝（クメール王朝）の始まりである。9世紀の末、ヤショーヴァルマン1世（889 – 910年頃）がアンコールに都を築いた。このときの勢力範囲は、現在の東北タイ地域まで広がっていた。その後何代かの王が続くが、勢力争いや逝去で、どの王朝も長くは続かなかった。
1113年、スールヤヴァルマン2世が即位し、国内各地の敵対勢力と戦い国内を統一、国外においても西方のチャオプラヤー川デルタのシャム人やモン人と戦い、南隣のチャンパ王国や東隣の李朝へ攻め入った。王国の範囲は、タイ中部、マレー半島、ベトナム南部に及び、また、彼は寺院建築にも熱心で、クメール美術の最高傑作であり、自身の墓でもあるアンコール・ワットを始め、トマノン、バンテアイ・サムレなどのヒンドゥー教寺院を建築した。この王の治世も平穏安泰ではなかった。1150年頃死去した。
スールヤヴァルマン2世死後、王位を巡り争いが続いた。さらに1177年には、チャンパ王国の大軍が都であったヤショーダラプラを破壊した。
タ・プローム
1181年、チャンパに遠征していたジャヤーヴァルマン7世が帰国し、即位した。彼は粘り強く国づくりを進め、1190年には宿敵チャンパを降伏させた。また、8メートルの高さの堅固な城壁の「輝ける新都城」アンコール・トムを都として造成した。アンコール王朝の最盛期であった。熱心な大乗仏教の信者であった王は、都の中心にバイヨンを建設し、バンテアイ・クデイ、1186年にタ・プローム（僧院）、1191年にプリヤ・カーンなどの仏教寺院を建設した。
また、ジャヤーヴァルマン7世は、国内に102箇所の病院と主要街道に宿場を建設し、庶民の生活も重視した。しかし、大規模な寺院建設と領土獲得の遠征のため、死後（1220年）は国力が衰退していったと考えられている。その後、インドラヴァルマン二世、ジャヤヴァルマン八世(1243-1295)が継いだ。八世は、1285年と1292年に元朝に朝貢した。この治世に廃物事件が起こり、ヒンドゥー教に由来する題材に彫り直された。
13世紀にはいると元の侵攻が始まり、後半からは、アユタヤ王朝の侵攻が始まった。当時のポニャーヤット王は、1431年にシャム（現在のタイ）に近いアンコールを放棄し、翌年シャム族が首都を占領し、アンコールの栄光の時代は終わりを告げた。その後、首都は転々とし、現在のプノンペンのあるチャドモックに遷都した。
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