法隆寺は、「日本仏教興隆の祖である聖徳太子が創建した寺院である」とするのが、一般的・常識的理解である。聖徳太子は謎の多い人物であり、20世紀末頃からは「聖徳太子は実在しなかった」とする言説が盛んになっているが、これには反論も出されている。『＜聖徳太子＞の誕生』の著者である大山誠一は、超人的人物として信仰の対象となっている「聖徳太子」は架空の存在だとしながらも、「聖徳太子」のモデルとなった厩戸王という人物の存在と、その人物が斑鳩宮及び斑鳩寺を建てたことは史実と認めている。
現存する法隆寺西院伽藍は聖徳太子在世時のものではなく、7世紀後半 – 8世紀初の建立であることは定説となっており、この伽藍が建つ以前に焼失した前身寺院（いわゆる若草伽藍）が存在したことも発掘調査で確認されている。また、聖徳太子の斑鳩宮跡とされる法隆寺東院の地下からも前身建物の跡が検出されている。以上のことから、「聖徳太子」の人物像には後世の潤色が多く含まれているとしても、そのモデルとなった厩戸王によって7世紀の早い時期、斑鳩の地に仏教寺院が営まれたことは史実と認められている。
通説によれば、推古天皇9年（601年）、聖徳太子は斑鳩の地に斑鳩宮を建て、この近くに建てられたのが法隆寺であるとされる。金堂の「東の間」に安置される銅造薬師如来坐像（国宝）の光背銘には「用明天皇が自らの病気平癒のため伽藍建立を発願したが、用明天皇がほどなく亡くなったため、遺志を継いだ推古天皇と聖徳太子があらためて推古天皇15年（607年）、像と寺を完成した」という趣旨の記述がある。しかし、正史である『日本書紀』には（後述の670年の火災の記事はあるが）法隆寺の創建については何も書かれていない。
前述の金堂薬師如来像については
1. 像自体の様式や鋳造技法の面から、実際の制作は7世紀後半に下るとみられること
2. 607年当時、日本における薬師如来信仰の存在が疑問視されること
3. 銘文中の用語に疑問がもたれること
という理由から、文字通り607年までさかのぼる制作とは見なされていない。また、金堂の中央に安置される本尊は「623年に聖徳太子の冥福のため止利が造った」という内容の光背銘をもつ釈迦三尊像であり、これより古い薬師如来像が「東の間」に安置されて脇仏のような扱いをされている点も不審である。
このように、若干の不明点は残るものの、法隆寺の創建が7世紀前半の聖徳太子在世時にさかのぼることは、発掘調査の結果等からも明らかである。皇極天皇2年（643年）、蘇我入鹿が山背大兄王を襲った際に斑鳩宮は焼失したが、法隆寺はこの時は無事だったと考えられる。
日本書紀巻27に「夏四月癸卯朔壬申 夜半之後 災法隆寺 一屋無餘」（天智天皇9年・670年に法隆寺は一屋余すところなく焼失した）という記事がある。この記事の真偽をめぐって、現存する法隆寺西院伽藍は聖徳太子創建時のものであるとする説と、 670年に全焼した後、再建したものであるとする説とが鋭く対立し、いわゆる「再建・非再建論争」が起きた（くわしくは後述）。なお、発掘調査や建築用材の伐採年代の科学的調査などの裏付けから、現存する法隆寺西院伽藍は一度焼失した後に再建されたものであるということは定説となっている。ただし、皇極天皇2年（643年）の上宮王家（聖徳太子の家）滅亡後、誰が西院伽藍を再建したのかなど、再建の正確な時期や経緯については謎も多い。焼失前の旧伽藍（いわゆる「若草伽藍」）は、現存の西院伽藍の位置ではなく、かなり南東寄りに位置していた。また、現存の西院伽藍がほぼ南北方向の中軸線に沿って建てられているのに対し、旧伽藍の中軸線はかなり北西方向に傾斜している。さらに、現・西院伽藍の建つ土地は、尾根を削り、両側の谷を埋めて整地したものであることがわかっており、なぜ、大規模な土木工事を行ってまで伽藍の位置や方位を変更したのかは定かでない。
再建時期についても明確な記録はないが、現存の西院伽藍の建築を見ると、細部の様式などから、金堂がもっとも年代が上がり、五重塔がそれに続き、中門、回廊はやや遅れての建築と見られる。『法隆寺伽藍縁起并流記資財帳』によれば、中門の仁王像や五重塔初層安置の塑造彫刻群は和銅4年（711年）の制作とあり、この頃には西院伽藍全体が完成していたと考えられる。なお、平安時代に書かれた『七大寺年表』には和銅年間に法隆寺が建てられた、とある。
一方、八角堂の夢殿を中心とする東院伽藍は、天平10年（738年）頃、行信僧都が斑鳩宮の旧地に太子をしのんで建立したものである。
延長3年（925年）には西院伽藍のうち大講堂、鐘楼が焼失し、大講堂が再建されたのは数十年後の正暦元年（990年）のことであった。以後、永享 7年（1435年）に南大門が焼失するなど、何度かの火災に遭ってはいるが、全山を焼失するような大火災には遭っておらず、建築、仏像をはじめ各時代の多くの文化財を今日に伝えている。
近世に入って、慶長年間（17世紀初頭）には豊臣秀頼によって、元禄 – 宝永年間（17世紀末～18世紀初頭）には江戸幕府5代将軍徳川綱吉の生母桂昌院によって伽藍の修造が行われた。
近代に入ると、廃仏毀釈の影響で寺の維持が困難となり、1878年（明治11年）には管長千早定朝の決断で、聖徳太子画像（唐本御影）をはじめとする300件余の宝物を当時の皇室に献納し、金一万円を下賜された。これらの宝物は「法隆寺献納宝物」と呼ばれ、その大部分は東京国立博物館の法隆寺宝物館に保管されている。
1934年（昭和9年）から「昭和の大修理」が開始され、金堂、五重塔をはじめとする諸堂宇の修理が行われた。「昭和の大修理」は第二次世界大戦を挿んで半世紀あまり続き、1985年（昭和60年）に至ってようやく完成記念法要が行われた。この間、1949年（昭和24年）には修理解体中の金堂において火災が発生し、金堂初層内部の柱と壁画を焼損した。このことがきっかけとなって、文化財保護法が制定されたことはよく知られる。1950年に法相宗から独立した。
1981年（昭和56年）からは「昭和資財帳調査」として、寺内の膨大な文化財の再調査が実施され、多くの新発見があった。調査の成果は『法隆寺の至宝－昭和資財帳』として小学館から刊行されている。 昭和9年の大修理の際に裏山に築ていして貯水池を建設しそこから境内に地下配管して自然水利による消火栓を建設した 金堂火災の際初期消火に活用された
再建・非再建論争
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